Research Focus

AI agents, large language models, computer vision, AI in finance, AI-accelerated drug discovery and materials discovery, industrial applications of AI.

Academics

• Şener Özönder

Computing Infrastructure

• Two 4u GPU servers, 6 NVIDIA RTX 4090 GPUs in total. One NAS storage.

Students & Graduates

• Ege Kutlu MS Student, "LLM agents"
• Ahmet Bilal Arıkan MS Graduate, "Cost prediction from engineering drawings"
• Hatice Nur Alan MS Student, "AI in finance"
• Hümeyra Yüksel MS Student, "Transformer attacks on post-quantum cryptography algorithms"

Ongoing & Past Projects

• Cross-API Agents for Reliable End-to-End Workflow Automation
  Güvenilir Uçtan Uca İş Akışı Otomasyonu için Çapraz-API Ajanları
  (EuroHPC, 2026)
• MProDockAI: Exploration of potential inhibitors of SARS-CoV-2 main protease via docking, molecular dynamics and SMILES transformer AI model
  MProDockAI: SARS-CoV-2 ana proteazının potansiyel inhibitörlerinin kenetleme, moleküler dinamik ve SMILES transformer yapay zeka modeli aracılığıyla araştırılması (EuroHPC, 2025)
• Ring-Aware Transformer Attacks to Post‑Quantum Cryptography Algorithms
  Kuantum Sonrası Kriptografi Algoritmalarına Halka-Farkında Dönüştürücü Saldırıları
  (TÜBİTAK BİLGEM, 2025)
• AI-Assisted Drug Discovery Platform
  Yapay Zeka Destekli İlaç Keşfi Platformu Geliştirilmesi
  (TÜBİTAK, 2025)
• On Device AI Agents: Revolutionizing Real-time API Interactions with Privacy Preserving Intelligence
  Cihaz Üzerinde Yapay Zeka Ajanları: Gizliliği Koruyan Zeka ile Gerçek Zamanlı API Etkileşimlerini Dönüştürmek
  (FFPlus & EuroHPC EU Project, 2025)
• EUPilot - Development of Open Source Software and Hardware AI Accelerator Chips for HPC Centers
  EUPilot - Hesaplama Merkezleri için Açık Kaynaklı Yapay Zeka Hızlandırıcı Yazılımı ve Donanımı Geliştirme
  (EU Project, 2024)
• Detection of Vulnerabilities in Post-Quantum Cryptography Algorithms with Deep Learning
  Derin Öğrenme ile Kuantum Sonrası Kriptografi Algoritmalarının Kırılganlıklarının Tespiti
  (TÜBİTAK BİLGEM, 2024)
• Development of Artificial Intelligence-Based Cost Estimation Software for Automotive Suspension and Steering Parts.
  Otomotiv Süspansiyon ve Yönlendirme Parçaları için Yapay Zeka Tabanlı Maliyet Tahminleme Yazılımı Geliştirilmesi
  (TÜBİTAK 1711 Yapay Zeka Ekosistem Çağrısı, 2024)
• High-Performance AI-based Algorithms in Drug Discovery
  İlaç Keşfinde Yapay Zeka Destekli Yüksek Performanslı Algoritmalar
  (Boğaziçi Üniversitesi, BAP, 2023)
• BatteLLIGENCE - AI and Cloud Based Battery Monitoring Platform
  BataryaZEKASI - Yapay Zeka ve Bulut Tabanlı Batarya İzleme Platformu
  (TÜBİTAK 1512 BİGG, 2022)
• New Nano-materials Discovery with AI and Computational Quantum Mechanics
  Yapay Zeka ve Hesaplamalı Kuantum Mekaniği ile Yeni Nano Malzemelerin Keşfi
  (TÜBİTAK 3501, 2021)